重庆市疾病预防控制中心成立于2000年11月，前身是重庆市卫生防疫站，是从事基本公共卫生服务的公益性事业单位。增挂了重庆市救灾防病应急处理中心、三峡疾病监测中心、国家食品安全监测重庆中心牌子。

中心以“开展疾病预防控制，提高公共卫生能力，保障人民健康”为宗旨，主要承担以下13项职责任务：一是开展疾病预防与控制工作；二是开展消毒与病媒生物控制工作；三是实施免疫规划工作；四是承担突发公共卫生事件预防控制任务；五是开展健康危害因素监测、评价和干预工作；六是承担食品安全风险监测与食源性疾病控制工作；七是开展公众健康和营养状况监测与评价工作；八是开展健康教育与健康促进工作；九是开展疫情及健康相关因素信息管理工作；十是开展实验室检验检测与评价工作；十一是开展科研和国际合作项目工作；十二是开展培训和技术指导工作；十三是提供其他社会公益性公共卫生服务。

中心认真贯彻预防为主的方针，面向基层、面向群众，通过实施疾病预防控制策略与措施，及时、科学、规范地开展卫生应急，成功处理非典、霍乱等数百起传染病暴发疫情和突发公共卫生事件，以及地震、干旱、洪水等救灾防病工作，预防和控制严重影响人民健康的传染病、地方病、职业病和慢性非传染性疾病的发生与流行，为重庆市人民健康、社会稳定和经济建设发挥了良好的服务保障作用。